Ενότητα NGS: Χρήση του NGS στην ανάλυση του γονιδίου CFTR-Κυστική ίνωση


Σαμαρά Σ, PhD, Αλεξιάδης Ε, MSc, Βέντης Σ, MSc, Κατσώνη Ε, BSc, , Κωνσταντουλάκης Π, PhD, Κουσκούτη Α, PhD
Βιοαναλυτική –Γενότυπος, ΙΑΕ, Ιδιωτικό Διαγνωστικό Εργαστήριο Μοριακής και Κυτταρογενετικής Ανάλυσης

Η Κυστική Ίνωση (Ινοκυστική νόσος) είναι η πιο συχνή κληρονομική ασθένεια της  λευκής φυλής, η οποία επηρεάζει κυρίως τους πνεύμονες και το πάγκρεας και μπορεί να επιφέρει θάνατο σε νεαρή ηλικία.  Στην Ελλάδα οι φορείς παθολογικού αλληλομόρφου που προκαλεί την Κυστική Ίνωση υπολογίζονται σε περισσότερους από 500.000. Τελευταία, λόγω της αύξησης των φορέων και της συνεχούς εμφάνισης νέων μεταλλάξεων, δημιουργήθηκε η ανάγκη για μελέτη ολόκληρου του γονιδίου CFTR με πιο σύγχρονες και ταχείς μεθόδους σε σχέση με παλαιότερες που αναγνώριζαν μόνο τις συχνότερα εμφανιζόμενες μεταλλάξεις του γονιδίου.  Έτσι, σχετικά πρόσφατα στην Ελλάδα, ξεκίνησε η εφαρμογή της αλληλούχισης νέας γενιάς (Next Generation Sequencing, NGS).  Στο εργαστήριό μας η ανάλυση του γονιδίου CFTR πραγματοποιείται με Next Generation Sequencing (Illumina MiSeq) σύμφωνα με το CE-IVD Kit CFTR MASTR Dx της Multiplicom Molecular Diagnostics, όλων των κωδικοποιουσών περιοχών του γονιδίου, σημαντικών μη μεταφραζόμενων περιοχών, μέρος του υποκινητή του γονιδίου CFTR, καθώς και του αριθμού αντιγράφων περιοχών του γονιδίου (CNVs).   Η ανάλυση των αποτελεσμάτων γίνεται αποκλειστικά από συνεργαζόμενη εταιρία βιοπληροφορικής (Sophia Genetics, CE-IVD) με πιστοποιημένη τεχνική. Η νέα αυτή τεχνική έχει προσφέρει σημαντικά πλεονεκτήματα όσον αφορά στη διάγνωση και τον προγεννητικό έλεγχο και δημιούργησε αφορμή για σκέψη και προβληματισμό στους γενετιστές ως προς τον όγκο, το είδος και την ποιότητα των αποτελεσμάτων.